DrugBank: un database on-line di risorse di bionformatica

http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/drugbank/
(In inglese)

DrugBank è un database on-line di risorse di bionformatica, disciplina che si occupa del sequenziamento del genoma, dei livelli di espressione genica, della determinazione delle strutture e funzioni delle molecole biologiche, dello studio molecolare di geni e proteine.

È una banca dati destinata a utenti esperti. Ma può anche essere usata, in senso più generale, come strumento di educazione farmaceutica.

Comprende migliaia di voci relative a farmaci, molecole, proteine. I dati riguardano sia farmaci approvati dalla FDA (Food and Drug Administration), sia farmaci sperimentali. Per ogni voce presente nel database, c’è una scheda di registrazione (la cosiddetta “DrugCard entry”) con più di 80 campi per la raccolta delle informazioni.

Molti dei campi delle schede sono iperlink ad altri database on-line. Il database può essere consultato in molti modi diversi, che vanno dalla semplice ricerca per parole chiave, alla ricerca per sequenza o formula di struttura. Il modo più semplice per effettuare una ricerca consiste nell’inviare una richiesta testuale. Si sceglie l’opzione di ricerca “text query” e, semplicemente, si digita nel box la parola che si vuole cercare.

Si tratta di un database dalla molteplici applicazioni potenziali. Prima fra tutte quella di essere usato come base dati per svolgere diverse simulazioni in silico. L’espressione latina in silico deriva dalla parola “silicio” che indica la sostanza di cui sono fatti le componenti elettroniche dei computer. In letteratura scientifica, la locuzione è usata per indicare la riproduzione di fenomeni biologici attraverso una simulazione matematica al computer (invece che in provetta – “in vitro” – o negli esseri viventi – “in vivo”). La sperimentazione scientifica in silico è un’esperienza relativamente recente, conseguenza dell’informatizzazione della ricerca.

Autori e fonti dei contenuti: indicati.
"Proprietà" del sito:il progetto è gestito da “Genome Alberta & Genome Canada”, un’associazione no profit canadese.
Data di aggiornamento dei contenuti: indicata.
Fonti di finanziamento:indicate, il sito (come il progetto) è sostenuto da finanziamenti governativi.
Pubblicità: non presente.
Conflitti d'interesse: dichiarati quelli eventuali.

Per approfondire:

- L’articolo full text sul progetto DrugBank pubblicato sulla rivista Nucleic Acids Research e consultabile on-line su PubMed Central: http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=163...
- La rivista internazionale sulla biologia molecolare computazionale: http://www.bioinfo.de/isb/

Simona Bertoglio

Inserito da redazione il Mer, 15/02/2006 - 00:00